En el año de 1938, el Dr. Carlos Heuch, precursor de la creación de la Escuela, puso en marcha el proyecto de la creación de una Escuela Dental invitando a participar a sus colegas el Dr. Ricardo L. Zarzosa y Dr. Arturo Marti Cabrera; entre los tres iniciaron lo que sería el nacimiento de la Escuela de Odontología. En 1940 el Dr. Ignacio Morones Prieto, Rector de la Universidad se interesó en el proyecto y le prometió apoyarlo, ante esta perspectiva, el Dr. Heuch invitó también a un grupo de jóvenes dentistas: el Dr. Rodolfo Martínez Lavin, Dr. Nicolás Aguilar Narváez, Dr. Rafael Nava Martínez y el Dr. José B. Cerda Castillo, para elaborar el protocolo que se presentaría al Consejo Directivo Universitario, tras esta ardua labor, en diciembre de 1941 fue aceptado el "Proyecto de la Creación de la Escuela de Odontología" para ser presentado en sesión ordinaria del H. Consejo Directivo Universitario de fecha 29 de enero de 1942, asentado en el libro de actas lo siguiente: "Se autoriza al Sr. Rector para establecer el primer año de la Escuela de Odontología con el mismo plan de estudios vigente en la Escuela Nacional de Odontología de la Universidad Nacional Autónoma de México y para hacer provisionalmente los nombramientos de catedráticos para tal efecto, a reserva de que éstos sean ratificados por este Consejo".

Después de haber sido aprobada la creación de la Escuela de Odontología, su principal impulsor el Dr. Carlos Heuch falleció en octubre del mismo año, por lo que los otros integrantes desistieron, esto aunado al término de la gestión como Rector del Dr. Morones Prieto, hizo que el proyecto se olvidara. 

Posteriormente siendo Rector de la Universidad el Dr. Jesús N. Noyola Cepeda para el período 1944-1946, en el año de 1945 dándose cuenta de la aprobación del H. Consejo Directivo Universitario para la creación de la Escuela de Odontología, le da la encomienda al Dr. Rodolfo Martínez Lavín de continuar con el proyecto y el 3 de febrero de 1946 dio inició oficialmente la carrera de Cirujano Dentista en la Escuela de Odontología de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí. En sesión ordinaria del H. Consejo Directivo Universitario celebrada el 31 de mayo de 1946, se escribió: “El Señor Rector de la Universidad manifiesta que hace cuatro años el Consejo acordó se creara la escuela de Odontología, y que el presente año ha comenzado a trabajar el primer año de dicha escuela, y que la Rectoría ha designado provisionalmente a los Profesores de la misma”. Es por la fecha de esta acta que la fundación de la escuela se celebraba en el mes de mayo.

El 3 de septiembre de 1953, en sesión del H. Consejo Directivo Universitario se aprobó un artículo transitorio en el que se señaló que: "En tanto aprobaban los Reglamentos de las Escuelas, los Decanos de las mismas fungirían como Directores" y en sesión extraordinaria del H. Consejo Directivo Universitario realizada el 29 de marzo de 1955, el Dr. Rodolfo Martínez Lavín fue nombrado Director de la Escuela de Odontología para el periodo 1955-1957. 

En enero de 1962 el H. Consejo Directivo Universitario aprobó el nombre de “Escuela de Odontología al de Escuela de Estomatología” 

A partir del ciclo escolar 1982-1983 se implementó el cambio del plan anual a semestral, dando énfasis a la odontología Social. 

En sesión ordinaria del H. Consejo Directivo Universitario del 23 de noviembre de 1991 y en virtud de cumplir con lo establecido en el Estatuto Orgánico de la UASLP, en sus artículos 10 y 121, quedó oficialmente registrado el cambio de Escuela de Estomatología al de Facultad de Estomatología.

Con algunas adecuaciones dadas en el transcurso de los años este plan continuó hasta el 14 de Agosto de 1998, fecha de la aprobación del H. Consejo Directivo Universitario de una importante modificación al plan de estudios de la Facultad, el cual estaba basado en un plan interinstitucional, encabezado por las principales dependencias y asociaciones universitarias y gubernamentales, para unificar la enseñanza de la Estomatología en el país, siendo con lo anterior la primera enseñanza odontológica en México en adoptarlo, con este cambio se modificó el nombre de la Licenciatura que ofrece la Facultad de Estomatología; de Cirujano Dentista a Médico Estomatólogo. La Comisión Curricular de la Facultad como parte de las medidas tendientes a mantener y elevar los estándares de calidad de la formación académica, se ha ocupado sistemáticamente a diseñar y poner en marcha un proceso de evaluación y actualización curricular que permita que el plan de estudios de la carrera de Médico Estomatólogo se siga involucrando en los avances pedagógicos, disciplinarios y tecnológicos. Esta medida ha sido asumida por la comunidad académica con la firme intención de mantener su liderazgo como entidad formadora de recursos humanos en el área de la salud, fomentando el arraigo del alumnado en esta institución y elevando sus niveles de aprovechamiento académico.

Actualmente se cuenta con ocho posgrados: Especialidad en Cirugía Oral y Maxilofacial, Especialidad en Ortodoncia y Ortopedia Dentomaxilofacial, Especialidad en Estomatología Pediátrica, Especialidad en Odontología Estética, Cosmética, Restauradora e Implantología, Especialidad en Periodoncia, Maestría en Ciencias Odontológicas en el Área de Odontología Integral Avanzada, Maestría en Endodoncia y Doctorado en Ciencias Odontológicas