Las LGAC deben de estar asociadas a las prioridades de la formación e investigación del posgrado, son propuestas por el comité académico (CA) y estudiantes a través de los proyectos, tesis y trabajos colaborativos con un enfoque inter, multi y transdisciplinar que permitan abordar problemas complejos y así contribuir con soluciones pertinentes ante la sociedad, la ciencia y la tecnología. Deben ser congruentes con los objetivos del plan de estudios y el perfil de egreso.
Se desarrollan por parte de los profesores del Programa de Maestría en Endodoncia 2 líneas de generación y aplicación del conocimiento:
Microbiología Endodóntica cuya finalidad es evaluar la interacción de microorganismos aerobios y anaerobios con las estructuras biológicas y con diferentes materiales.
Estudio de los Biomateriales cuya finalidad es evaluar la interacción de los materiales con los diferentes sistemas biológicos.
Encaminadas a resolver problemas de salud bucal de la población y a generar nuevos conocimientos. Estas LGAC, son trabajadas por profesores especialistas en cada una de ellas en las que están integrados en CAS y los estudiantes se incorporan a los trabajos de estas. El desarrollo de las LGAC ha traído como resultado la realización de trabajos de tesis para la obtención del grado, la publicación de artículos originales, así como su presentación en diferentes foros a nivel nacional e internacional, obteniendo primeros, segundos y terceros lugares lo que repercute directamente en el fortalecimiento y proyección del programa.